Durante dos centurias hubo en la Iglesia dos órganos, uno grande y otro pequeño (probablemente un antifonario). Esto dificulta la lectura y la interpretación de los libros, porque cuando habla de un órgano muchas veces no se sabe a cuál de ellos se está refiriendo. Nosotros solamente vamos a tratar del órgano grande y actual, que es el único que ha perdurado a lo largo de los siglos.

En el 1561 ya aparecen dos estañadores que están estañando tubos en el órgano: A. Portugués y Diego de Astudillo F 7 y 8. Esto presupone que en esta fecha ya había un órgano (por cierto, de los más antiguos de España y de Europa...).

En el mismo libro, folios 38, 43 y 105 , aparecen partidas y finiquitos que se pagan a Vicente Alemán, organero de Burgos, y lo mismo en los folios 108 y 163. Para nosotros este Vicente Alemán es autor del órgano actual.

En el 1571, en el mes de abril (4 meses después del hundimiento de la torre), “se paga a Luís de Salas, organista, 4.000 maravedíes porque limpió el órgano y le renovó y aderezó”. El hundimiento de la torre no le había afectado nada más que en el polvo.

En el L. V F: 50, conocedores de que el órgano es pequeño para las dimensiones de la Iglesia, hacen gestiones a través del beneficiado Andrés de Aragón, para tantear si se compra un instrumento nuevo.